Beberapa teknik penulisan lagu yang unik telah dilakukan oleh Dream Theater, yang kebanyakan terjadi di masa - masa sekarang, ketika mereka bisa bereksperimen dengan label rekaman mereka sendiri.

Dimulai dengan Train of Thought, Dream Theater sudah memulai memasukkan elemen - elemen kecil dan tersembunyi di musik mereka, dan memuat elemen tersebut kepada peminat yang lebih fanatik. Karakteristik yang paling terkenal (yang biasa disebut "nugget") tersembunyi di "In the Name of God", yang merupakan sandi morse dari "eat my ass and balls" (makan pantatku dan penisku), yang merupakan kata - kata terkenal dari Mike Portnoy. Sejak saat itu, banyak peminat - peminat Dream Theater mulai berusaha menemukan hal - hal kecil yang biasanya tidak menarik bagi peminat biasa.

Beberapa dari teknik mereka yang terkenal termasuk:

• Suara dari fonograf di akhiran dari "Finally Free" di album Scenes from a Memory adalah suara yang sama di awalan "The Glass Prison" di album berikutnya, Six Degrees of Inner Turbulence. Dan akhiran kunci terakhir di "As I Am" sama dengan kunci yang digunakan di album selanjutnya, Train of Thought. Juga, not piano yang dimainkan di akhiran "In the Name of God" di 'Train of Thought adalah not yang sama dengan pembukaan "The Root of All Evil" di album berikutnya, Octavarium.

• Tiga bagian dari "The Glass Prison" di Six Degrees of Inner Turbulence, dua bagian dari "This Dying Soul" di Train of Thought dan dua bagian dari "The Root of All Evil" di Octavarium menunjukkan tujuh poin pertama dari dua belas poin - poin di program Alcoholics Anonymous oleh Bill Wilson, yang mana program itu diikuti oleh Mike Portnoy. Ia juga berkata bahwa ia akan membuat lagu - lagu lain yang memuat lima program lainnya, yang akan ditujukan untuk Wilson

• Dream Theater kadang menggunakan teknik penulisan lagu dimana bagian - bagian dari sebuah lagu dikembangkan tiap kali mereka dimainkan. Contohnya, lagu "6:00" dari Awake. Setelah awalan lagu, mereka hampir memainkan chorus, tapi mengulang lagu tersebut dari awalan lagi (di menit 1:33). Dan ketika chorus sudah seharusnya dimainkan pada saat berikutnya, mereka mengulang lagi dari awalan, di menit 2:11. Teknik ini bisa juga ditemukan di "Peruvian Skies", "Blind Faith" dan "Endless Sacrifice"

• Penggunaan notasi yang berulang - ulang juga digunakan, yang sudah dikenal dari lagu - lagu Charles Ives, contohnya:
  • Tema lagu "Wait for Sleep" muncul di "Learning to Live" (menit 8:11) dan juga muncul dua kali di "Just Let Me Breath" (menit 3:39 dan 5:21)
  • Tema lagu "Learning to Live" muncul di "Another Day" (menit 2:53)
  • Tema lagu "Space-Dye Vest" digunakan beberapa kali di album Awake.
  • Tema pembukaan dari "Erotomania" digunakan di "Voices" di Awake (menit 4:51).
  • Satu dari melodi - melodi di "Metropolis Pt 1 (The Miracle and the Sleeper)" diulang di chorus kedua di "Home" dari Metropolis Pt 2 (Scenes From A Memory), dengan cuma pengubahan satu kata. Beberapa lirik dari "Metropolis Pt 1" just digunakan di "Home". Pada dasarnya, keseluruhan album "Scenes From A Memory" penuh dengan musikal/lirikal/konseptual variasi dari elemen - elemen musikal dari "Metropolis Pt 1" dan "The Dance of Eternity" sebenarnya dibangun dari variasi - variasi elemen musik di lagu - lagu dalam album tersebut.
  • Bagian - baguan dari tiap lagu di album "Octavarium" telah digunakan di bagian kelima dari lagu berjudul sama, "Octavarium".

• Six Degrees of Inner Turbulence, studio album ke enam mereka, memuat enam lagu dan mempunyai karakter - karakter angka enam di judul - judul lagunya. Train of Thought, studio album ke tujuh mereka, memuat tujuh lagu. Octavarium, studio album ke delapan mereka memuat delapan lagu dan judul albumnya diambil dari kata octo, yang merupakan kata Latin yang berarti delapan, berarti satu oktaf dari istilah musik, yang mana merupakan jarak dari satu not ke not lain adalah delapan not di tangga nada diatonik. Judul lagi dari CD ini adalah 24 menit, kelipatan dari 8. Halaman depan albumnya juga memuat karakter - karakter yang berhubungan dengan 5 dan 8. Contohnya, satu set dari kotak - kotak putih dan kotak - kotak hitam, mempunyai arti satu oktaf dari piano.

• Lagu "Octavarium" dulunya ingin diakhiri dengan seruling yang bergema serupa dengan awalan lagu tersebut. Namun diganti dengan not piano yang sama dari awalan album Octavarium. Mike Portnoy telah mengatakan bahwa seri awalan - akhiran album akan berhenti disini, karena album ke sembilan mendatang tidak akan diawali dengan akhiran "Octavarium"